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微生物菌剂是指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质作为吸附剂（如草炭、蛭石），吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。这种菌剂用于拌种或蘸根，具有直接或间接改良土壤、恢复地力、预防土传病害、维持根际微生物区系平衡和降解有毒害物质等作用。农用微生物菌剂恰当使用可以提高农产品产量、改善农产品品质、减少化肥用量、降低成本、改良土壤、保护生态环境。
按剂型可分为：液体、粉剂、颗粒型；
按内含的微生物种类或功能特性可分为：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。
按照复合方式分为：微生物菌剂和复合微生物菌剂
农用微生物菌剂国家标准：（GB20287-2006）
复合菌剂：每一种有效菌的数量不得少于0.01亿/g（mL）；以单一的胶质芽胞杆菌制成的粉剂产品中有效活菌数不少于1.2亿/g。
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